Η έρευνα στα διάφορα πεδία των περιβαλλοντικών προβλημάτων αρθρώνεται στο Τμήμα Περιβάλλοντος στα πλαίσια των θεσμοθετημένων Ερευνητικών Εργαστηρίων με βασικούς θεματικούς άξονες τους εξής:

Ποιότητα Υδάτων και Αέρα, Διαχείριση Βιοποικιλότητας, Διαχείριση Αποβλήτων, Διαχείριση Ενέργειας και Κλιματική Αλλαγή, Τηλεπισκόπηση/Συστήματα Γεωγραφικών Πληροφοριών, Νησιωτικός Οικονομικός Σχεδιασμός, Περ/κη Εκπαίδευση & Επικοινωνία, Περ/κη Πολιτική και Διαχείριση.