Μικροβιακή Οικολογία

(Κωδικός Μαθήματος: -)

Εξάμηνο:  ΣΤ Διδακτικές Μονάδες:  5 ECTS: 6 Τύπος: Κατ’ Επιλογή Υποχρεωτικό (ΚΕΥ)
Προαπαιτούμενα Μαθήματα:  –  Κατεύθυνση: Περιβαλλοντικών Επιστημών Διδάσκων:   Τριαντάφυλλος Ακριώτης

Ο φοιτητής θα αποκτήσει γνώσεις ορολογίας, δεδομένων, νόμων αρχών και θεωριών, ταξινόμησης και κατηγοριών καθώς και γνώση κριτηρίων καιμεθοδολογίας στην επιστήμη της Μικροβιακής Οικολογίας. Μέσω των εργαστηρίων θα κατανοήσει τμήματα του γνωστικού αντικειμένου, θα εξαγάγει συμπεράσματα από διαγράμματα ή σύνολο δεδομένων, θα κατατάξει αντικείμενα σε κατηγορίες. Θα συνδέσει τη θεωρία με την πράξη, θα μάθει να επιλέγει, οργανώνει και χρησιμοποιεί αρχές νόμους, μεθόδους και θεωρίες.

 Περιγραφή Ύλης ανά Εβδομάδα: Διαλέξεις:

  1. Αρχές της Μικροβιολογίας: Μικροοργανισμοί και Μικροβιολογία, επισκόπηση της μικροβιακής ζωής, θρέψη, εργαστηριακή καλλιέργεια και μεταβολισμός των μικροοργανισμών, μικροβιακή αύξηση
  2. Εξελικτική Μικροβιολογία και Μικροβιακή ποικιλότητα: Μικροβιακή εξέλιξη και συστηματική, προκαρυωτική ποικιλότητα, αρχαία, ευκαρυωτικοί μικροοργανισμοί
  3. Μεταβολική ποικιλότητα και Μικροβιακή οικολογία: Ο φωτοτροφικός τρόπος ζωής, Χημειολιθοτροφία, ο αναερόβιος τρόπος ζωής, οξείδωση υδρογονανθράκων και ο ρόλος του οξυγόνου στον καταβολισμό οργανικών ενώσεων, αζωτοδέσμευση
  4. Μέθοδοι μικροβιακής οικολογίας
  5. Μικροβιακά ενδιαιτήματα, κύκλοι θρεπτικών ουσιών, αλληλεπιδράσεις με φυτά και ζώα.
  6. Κατεργασία υγρών αποβλήτων, καθαρισμός νερού και υδατογενείς μικροβιακές νόσοι
  7. Βιομηχανική μικροβιολογία/Βιοκατάλυση

Εργαστήρια

  1. Ασηπτικές μέθοδοι εργασίας στη μικροβιολογία
  2. Παρασκευή και αποστείρωση θρεπτικών μέσων με υγρή θέρμανση
  3. Εργαστήριο: Μέτρηση ταχύτητας αποδόμησης βιολογικών υλικών.
  4. Μέτρηση αναπνοής μικροοργανισμών του εδάφους με τη μέθοδο του CO2.
  5. Μικροοργανισμοί και περιβάλλον. Τελευταία ενημέρωση 30/9/2012
  6. Τοποθέτηση στήλης Winogradsky.
  7. Μικροβιολογικός έλεγχος νερού με τη μέθοδο των πολλαπλών σωλήνων.
  8. Προσδιορισμός του αριθμού βακτηρίων, αρίθμηση ζωντανών βακτηρίων, φωτομετρική αρίθμηση μικροβίων
  9. Καθαρές καλλιέργειες.
  10. Επίσκεψη στο εργαστήριο ελέγχου νερών της ΤΕΔΚ νομού Λέσβου.
  11. Ανάγνωση στήλης Winogradsky. Μικροσκοπική παρατήρηση μικροοργανισμών, χρώση με απλές χρωστικές.
 Διαλέξεις (ώρες / εβδομάδα):  3
Ασκήσεις ‐Εργαστήρια (ώρες / εβδομάδα):  3
Άλλες δραστηριότητες:  –
Αξιολόγηση – Βαθμολόγηση:

Υπάρχουν δύο συστήματα αξιολόγησης που επιλέγονται κάθε φορά από την ομάδα φοιτητών που επιλέγουν το μάθημα:

Α. Η βαθμολόγηση των ασκήσεων σε κάθε εργαστήριο συμμετέχει με 20% στην τελική βαθμολογία του φοιτητή. Το μάθημα εξετάζεται με γραπτές εξετάσεις.  Αριθμός θεμάτων δέκα

Β. Η βαθμολογία των ασκήσεων και τελική εξέταση στο εργαστήριο συμμετέχει με 30% στην τελική βαθμολογία. Το μάθημα εξετάζεται με ανοικτά τα βιβλία και τις σημειώσεις. Αριθμός ερωτήσεων δέκα.

Σημειώσεις Διδάσκοντος:

Σημειώσεις με τίτλο «Από τον Pasteur sτη Σύγχρονη Μικροβιολογία Εδάφους», σελίδες 114.

Κύρια Προτεινόμενα Συγγράμματα:
  • BROCK, (2005), ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΤΩΝ ΜΙΚΡΟΟΡΓΑΝΙΣΜΩΝ I, ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΑΚΕΣ ΕΚΔΟΣΕΙΣ ΚΡΗΤΗΣ, ΗΡΑΚΛΕΙΟ
  • BROCK, (2006), ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΤΩΝ ΜΙΚΡΟΟΡΓΑΝΙΣΜΩΝ II, ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΑΚΕΣ ΕΚΔΟΣΕΙΣ ΚΡΗΤΗΣ, ΗΡΑΚΛΕΙΟ
  • ΚΟΛΙΑΗΣ Σ., ΣΙΒΡΟΠΟΥΛΟΥ Α., (2001), ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ‐ΑΣΚΗΣΕΙΣ, UNIVERSITY STUDIO PRESS, ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗ
  • Σ. ΚΟΛΙΑΗΣ, (2001), ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ, UNIVERSITY STUDIO PRESS, ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗ
  • ΚΑΡΑΓΚΟΥΝΗ‐ΚΥΡΤΣΟΥ Α., (2001), Εργαστηρικές ασκήσεις γενικής Μικροβιολογίας, ΣΤΑΜΟΥΛΗ, ΑΘΗΝΑ
Βιβλιογραφία:
  • Ronald Atlas, David Stahl, Gill Geesey, Gary Sayler, (1998), «Techniques in Microbial Ecology Edited by Robert S. Burlage», Oxford University Press, ISBN 0‐19‐509223‐6.
  • Ted. Johnson, Cristine L. Case, (1998), «Laboratory experiments in Microbiology», Benjamin Cummings Publishing Company, ISBN 0‐8053‐ 78452‐9.
  • James G. Cappuccino, Natalie Sherman, (1999), «Microbiology a Laboratory manual», Benjamin /Cummings Science Publishing, ISBN 0‐ 8053‐7646‐1.
  • Allen I. Laskin, Hubert A. Lechevalier, (1984), «CRC handbook of microbiology», Boca Raton: CRC Press, ISBN 0‐8493‐7206‐2.
  • J.M. Lynch, (1990), «Τhe rhizosphere», Εκδόσεις John Wiley and Sons, ISBN 0‐471‐92548‐9.
  • Rup Lal, (1984), «Insecticide microbiology», Εκδόσεις Springer –Verlag Berlin, ISBN 0‐387‐13662‐2.
  • E. A. Paul, F. E. Clark, (1989), «Soil microbiology and biochemistry», Εκδόσεις San Diego Academic, ISBN 0‐12‐546805‐9.
  • Vlastimil Vancura Frantisek Kunk, (1988), «Soil microbial associations: control of structures and functions», Εκδόσεις Amsterdam: Elsevier, ISBN 0‐444‐98961‐7.
  • Tsune Kosuge and Eugene W. Nester, (1984), «Plant –microbe interactions», Εκδόσεις New York Macmillan, ISBN 0‐02‐949470‐2.
  • R. Campell, (1983), «Microbial ecology», Εκδόσεις Oxford: Blackwell Scientific, ISBN 0‐632‐00988‐8.
  • Sharon G. John H. Gunderson, (1993), «Wastewater organisms; a color atlas», Εκδόσεις Boca Raton Lewis, ISBN 0‐87371‐623‐X.
  • B.N. Richards, (1987), «The microbiology of terrestrial ecosystems», Εκδόσεις London; Longman Scientific and Technical, ISBN 0‐582‐45022‐5.
  • Μαυρίδου Αθηνά, Παπαπετροπούλου Μαρία, (1995), «Μικροβιολογία υδάτινου περιβάλλοντος: βασικές αρχές», Εκδόσεις Π. Τραυλός‐ Ε. Κωσταράκη, ISBN 960‐7122‐32‐1.
Διαδικτυακές Πηγές:

www.int‐res.com/journals/ame/

Aquatic Microbial Ecology, Inter‐Research Aquatic Microbial Ecology.

www.vims.edu/bio/microbial/

Microbial Ecology Biological Sciences. Oceanic bacterial productivity.

Advances in Microbial Ecology

www.oznet.ksu.edu/pr_sme/

The soil microbiology program studies basic mechanisms in nutrient

cycling, organic matter dynamics, and microbial ecology.

www.bact.wisc.edu/MicrotextBook/ClassAndPhylo/molecology.html

Molecular Microbial Ecology. One of the most dramatic contributions of

molecular phylogeny.

www.utyx.com/ecology/microbial‐ecology.html

Websites ‐ microbial ecology. Environmental Design Making Description:

Microbial Ecology Resources’ software designed for students.

www.esd.ornl.gov/facilities/genomics/microbial_ecology

Microbial physiology. Microbial ecology.

Microbial Ecology. Genomic Technologies for Microbial Community

Analysis.

www.nscss.org/mic.html

Applied Soil Microbiology includes: bioremediation, wetland treatment,

land application of wastewater, septic systems.

www.crrel.usace.army.mil/welcome/facilities/bioremediate.html

Environmentally controlled experimentation at low temperatures,

including soil contamination.

www.microbes.info/resources/Environmental_Microbiology/Soil_Microbio