Αντικείμενο της κατεύθυνσης είναι η μεταπτυχιακή εξειδίκευση επιστημόνων σε θέματα Οικολογικής/Περιβαλλοντικής Μηχανικής, όπως επίσης και σε θέματα Διαχείρισης Ενέργειας και Τεχνολογιών Χαμηλού Άνθρακα στα πλαίσια της Κλιματικής Αλλαγής.

Η συγκεκριμένη κατεύθυνση στοχεύει μέσα από τη μελέτη και γνώση των βιολογικών, οικολογικών και φυσικοχημικών διεργασιών του περιβάλλοντος καθώς και των εφαρμογών τους στην Οικολογική Μηχανική, την Διαχείριση της Ενέργειας, όπως επίσης και στην εμβάθυνση και αντιμετώπιση της Κλιματικής Αλλαγής:

• Στην παραγωγή επιστημονικού δυναμικού με ολοκληρωμένη αντίληψη των περιβαλλοντικών διεργασιών.
• Στην ανάπτυξη της γνώσης των φυσικών και ανθρωπογενών παραμέτρων του Ελλαδικού χερσαίου και υδατικού περιβάλλοντος, της εγχώριας τεχνογνωσίας διαχείρισης πόρων και ποιότητας περιβάλλοντος και στην προώθηση της εφαρμογής των ανωτέρω στην αειφόρο χρήση των πόρων της χώρας.
• Στην εμβάθυνση του σχεδιασμού, της κατασκευής και των αρχών λειτουργίας συστημάτων που στηρίζονται στις βασικές αρχές της Οικολογικής και Περιβαλλοντικής Μηχανικής.
• Στην εμβάθυνση της μελέτης των ενεργειακών συστημάτων κατά την διάρκεια της μετάβασης προς τεχνολογίες χαμηλού άνθρακα και ανανεώσιμων πηγών ενέργειας με βάση τις αρχές και τους στόχους της βιώσιμης ανάπτυξης όπως αυτές καθορίζονται στα πλαίσια των Ηνωμένων Εθνών (SDGs, 2030 Agenda), δηλ. καθαρή και οικονομικά εφικτή ενέργεια με αύξηση των ανανεώσιμων πηγών ενέργειας, αύξηση της ενεργειακής απόδοσης και προώθηση επενδύσεων σε έργα υποδομής για καθαρή ενέργεια.
• Στην ανάπτυξη των γνώσεων για την κλιματική αλλαγή και των επιπτώσεων αυτής, καθώς και της ρύθμισης και μείωσης των εκπομπών αερίων του φαινομένου του θερμοκηπίου και της προώθησης της ανάπτυξης ανανεώσιμων πηγών ενέργειας.
• Στην ενδυνάμωση του πολλαπλού κοινωνικό-οικονομικού ρόλου του Πανεπιστημίου Αιγαίου, στον ακριτικό χώρο όπου αναπτύσσεται, σύμφωνα με τις επιταγές και το σκεπτικό της ίδρυσής του.